Τα πρώτα σκυλιά εμφανίστηκαν στην Ιαπωνία περίπου 2000 χρόνια πριν. Πρόγονος της φυλής αυτής λέγεται ότι είναι το Τσόου-Τσόου, ωστόσο από τις 6 φυλές που δημιουργήθηκαν τότε, οι υπόλοιπες έχουν εκλείψει.
Χρησιμοποίησαν αυτή τη φυλή στο κυνήγι, όπως αγριογούρουνων και ελαφιών. Τα Σικόκου Iνου είναι μερικές από τις πιο αγνές φυλές σκυλιών συνδεδεμένων με τον απομακρυσμένο χαρακτήρα της περιοχής Shikoku.